由于土地增值税清算一般应在房地产开发项目全部竣工、完成销售时进行，而企业所得税的收入确认时间比清算土地增值税时间提前很多。根据国税发「2009」31号的规定，项目未完工而有预收房款时，只要房地产公司与业主正式签订《房地产销售合同》或《房地产预售合同》，企业所得税纳税义务就实现了，虽然土地增值税采取预征办法，但清算土地增值税往往可能会补缴大量的土地增值税，企业清算时房地产开发企业已没有没有后续项目，这样就可能造成土地增值税清算的税款不能在企业所得税前扣除，即土地增值税清算补交的税款未能按权责发生制原则在所属纳税年度扣除，造成企业多交了企业所得税，违背了《企业所得税法》第八条的规定。为了解决房地产开发企业注销前由于预征土地增值税导致多缴企业所得税的退税问题。自2010年1月1日起，国家税务总局公告2010年第29号《关于房地产开发企业注销前有关企业所得税处理问题的公告》就房地产开发企业注销前的企业所得税处理问题，进行了以下规定：一、房地产开发企业（以下简称企业）按规定对开发项目进行土地增值税清算后，在向税务机关申请办理注销税务登记时，如注销当年汇算清缴出现亏损，应按照以下方法计算出其在注销前项目开发各年度多缴的企业所得税税款，并申请退税：
（一）企业整个项目缴纳的土地增值税总额，应按照项目开发各年度实现的项目销售收入占整个项目销售收入总额的比例，在项目开发各年度进行分摊，具体按以下公式计算：
各年度应分摊的土地增值税=土地增值税总额×（项目年度销售收入÷整个项目销售收入总额）
本公告所称销售收入包括视同销售房地产的收入，但不包括企业销售的增值额未超过扣除项目金额20%的普通标准住宅的销售收入。
在这里应该注意两点：一是“注销当年汇算清缴出现亏损”是指根据财税「2009」60号文规定将整个清算期作为一个独立的纳税年度进行汇算清缴，由税务机关认可的亏损，并且此亏损是由于土地增值税清算税款导致的。二是“注销前项目开发各年度”是指土地增值税清算涉及的年度。三是符合以下条件之一，企业即可申请退税：（1）土地增值税清算当年和企业注销当年汇算清缴都出现亏损；
（2）土地增值税清算当年出现亏损，且未在注销之前年度按税法规定弥补完毕的。
（二）项目开发各年度应分摊的土地增值税减去该年度已经税前扣除的土地增值税后，余额属于当年应补充扣除的土地增值税；企业应调整当年度的应纳税所得额，并按规定计算当年度应退的企业所得税税款；当年度已缴纳的企业所得税税款不足退税的，应作为亏损向以后年度结转，并调整以后年度的应纳税所得额。
[案例分析]
某开发企业2010年9月项目全部竣工并销售完毕，10月进行土地增值税清算，整个项目实现土地增值税1490万元，补交土地增值税530万元，2010年度企业所得税汇算确认亏损1520万元。2011年1月1日企业注销清算，注销年度汇算清缴确认亏损98万元。2008年——2010年预交土地增值税分别为：100万元、800万元、60万元；各年分摊的土地增值税分别为：150万元、1250万元、90万元；各年交纳的企业所得税分别为：10万元、130万元、0万元。
1、2008年应调整的应纳税所得额：
150-100=50（万元）
应退企业所得税=50×25%=12.5（万元）
2008年仅交纳企业所得税10万元，2008年只能退税10万元。剩余的2.5万元所得税对应的所得额10万元作为亏损向以后年度结转。
2、2009年应调整的应纳税所得额：
1250-800=450（万元）
加上2008年转来的10万元
2009年应调整的应纳税所得额共为：450+10=460（万元）
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