1、票款不一致不能抵扣
国税发192号中规定：“购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的对象，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。”
例如机械生产企业从xx钢料生产企业购进钢料一批，通过yy货运公司运输。如果从xx钢料生产企业、yy货运公司取得了抵扣凭证，那么支付钢料款和运输费用的对象必须分别为xx钢料生产企业、yy货运公司。如果两者不一致，凭证就无法抵扣。
2、对开发票不能抵扣
所谓"对开发票"是指购货方在发生"销售退回"时，为了规避开红字发票的麻烦，由退货企业再开一份销售专用发票视同购进后又销售给了原生产企业的行为。
许多纳税人会认为，用发票对开这种方法解决"销货退回"问题只是把这批不符合质量要求的货物又"卖回"了销货方，并不造成购销双方的税款流失，因为退货方已将这张发票作了账务处理，也计提了销项税金，不存在少缴或逃缴税款问题;对于供货一方来说，也只是拿这张进项发票抵顶了原来应计提的销项税金，同样也不存在偷逃税款的问题。
用发票对开解决销货退回问题，其实质是将退货看作是对销货方的一种重新销售，法律并无禁止，不禁止即视为不违法;二是用发票对开形式解决销货退回问题，从操作目的上看购销双方并不存在偷逃税款的主观故意，从实质上看也不造成税款流失的客观结果。
然而，笔者要告诉大家：以上纳税人的认识是错误的!
首先，在发生销售退回时，如果未按规定开具红字专用发票，实行对开发票有可能增加税收负担。
事实上，《增值税暂行条例实施细则》第十一条中有规定，企业如果发生销货退回行为，应按规定开具红字发票，如果不按规定开具红字发票，重开发票的增值税额将不得从销项税额中抵减，因此将会被重复计税，增加税收负担。
其次，"对开发票"将面临税务局的罚款。
纳税人如果未能按规定开具红字发票，税务机关在有足够证据的情况下，可责令限期改正，没收非法所得，可以并处10000元以下的罚款。违反发票管理法规，如果导致其他单位或者个人未缴、少缴或者骗取税款的，税务机关还将没收非法所得，甚至处未缴、少缴或者骗取的税款一倍以下的罚款!
再者，没有货物往来的发票对开可能被视为虚开发票。增值税专用发票对开，由于没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务，符合"虚开增值税专用发票"的特征，极有可能被认定为虚开增值税专用发票，如果情节严重，还有可能被追究刑事责任。
最后，“对开发票”还会让企业多缴纳印花税而增加税收负担，或者因少缴纳企业所得税，而遭到税务稽查风险。
回销给售货方如果书立合同，需要缴纳印花税，按购销金额的万分之三贴花，对比销货退回的正常处理，实在是增加了不必要的税收负担。想想如果不按时缴纳，还可能受到处罚……
发票对开，虽然对增值税没有影响，却会影响企业所得税的计算。
所得税的计算中有许多费用扣除项目是以销售收入为基础。比如企业发生的与生产经营活动有关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售(营业)收入的0.5%，企业发生的符合条件的广告费和业务宣传费支出不超过当年销售(营业)收入15%的部分准予扣除。如果企业按虚增后的销售收入计算费用扣除，就会造成多扣除，少计应税所得的结果。因此会加大企业被税务稽查的风险。
3、过渡期间三种发票不能抵扣
根据相关政策笔者推出以下三种发票在过渡期间不能抵扣：
1、营改增前购买，税改后收到
营改增前签订的材料采购合同，已经履行合同，但建筑材料在营改增后才收到并用于营改增前未完工的项目，而且营改增后才付款给供应商而收到材料供应商开具的增值税专用发票。
2、营改增前购买，税改后付款
营改增前采购的材料已经用于营改增前已经完工的工程建设项目，营改增后才支付采购款，而收到供应商开具的增值税专用发票。
3、过渡期间的非工程采购
营改增之前采购的设备、劳保用品、办公用品并支付款项，但营改增后收到供应商开具的增值税专用发票。
以上三种情况可以用表格来更直观地理解：不难发现，以上三种情况尽管都在营改增后收到抵扣发票，但只要合同履行或收到材料在营改增之前，那么这些过渡期间的发票就不能抵扣!
4、没有销售清单不能抵扣
没有供应商开具销售清单而开具了“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票不能抵扣。
国税发156号第十二条规定：一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者发票专用章。因此，若没有供应商开具销售清单的开具“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票，不可以抵扣进项税金。也就是说，开具“材料一批”、汇总运输发票、办公用品和劳动保护用品的发票，如果想抵扣进项税金，就必须要有销售清单!
5、集体福利或个人消费的专用发票不得抵扣
购进用于集体福利或个人消费的货物或者应税劳务以及随之发生的运输费、销售免税货物的运输费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣，已申报抵扣的应作进项税额转出处理。但购进既用于增值税应税项目也用于集体福利或者个人消费的使用期限超过12个月的机械、机器、运输工具以及其他与生产经营有关的设备、工具、器具等固定资产，其进项税额允许抵扣。
想必大家都知道购进货物如果用于企业职工福利，专用发票是不能用来抵扣的，像企业购买的饮水机、饮用水、微波炉，若是为企业员工集体福利而买，就不能抵扣。
但同一种物品，如果规定的使用用途不同，凭证就有可能从不能抵扣变为可以抵扣：例如一家报社，如果它购买的电视机，安装在单位职工宿舍里，或者职工餐厅，那就是职工的一项福利，则不能抵扣。可如果它购买的电视机用在采访工作中，专门为体育新闻采访部门购买，便于体育记者收看球赛直播来写新闻稿，那就是为了它的新闻产品的生产，这就可以抵扣。
2014年“交通运输业和部分现代服务业”营改增以后，以企业名义购买的进口豪华轿车，只要是企业生产经营使用，进口的豪华轿车也可于企业抵扣。
6、非正常损失材料发票不得抵扣
发生非正常损失的材料和运输费用中含有的进项税金，例如，工地上被盗窃的钢材、水泥，由财税106号附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第十条
第(二)项规定，非正常损失的购进货物及相关的加工修理修配劳务和交通运输业服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。
第(三)项规定：非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务或者交通运输业服务的进项税额不得从销项税额中抵扣。
7、2009年前按2%征收的固定资产不能抵扣
销售2009年之前购置的固定资产按简易2%征收，这个2%不能作为进项税抵扣。这样的规定主要是因为2009年之前固定资产的增值税发票是不能抵扣的，要按发票总额计入固定资产成本。而现在固定资产是可以抵扣进项税的，为了减轻销售企业的纳税负担，就可以减按2%缴纳增值税。
8、获得的增值税专用发票超过法定认证期限180天
如果企业已经取得了增值税专用发票，一定要记得在180日内到税务机关办理认证，根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函[2009]617号)第一条规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、(货物运输增值税专用发票)和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。基于此规定，获得的增值税专用发票超过法定认证期限180天不可以抵扣进项税额。
9、固定资产发生以下三种情况不能抵扣
纳税人已抵扣进项税额的固定资产发生以下三项所列情形的，应在当月按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额=固定资产净值×适用税率
(一)用于免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;
(二)非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;
(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务
(所称固定资产净值，是指纳税人按照财务会计制度计提折旧后计算的固定资产净值。)
10、与小规模纳税人相关的四种进项不允许抵扣
1、增值税小规模纳税人购进货物取得的发票不允抵扣进项税额。
2、增值税一般纳税人在以小规模纳税人身份经营期(新开业申请增值税一般纳税人认定受理审批期间除外)购进的货物或者应税劳务取得的增值税发票，其进项税额不允许抵扣。
3、增值税一般纳税人在认定批准的月份(新开业批准为增值税一般纳税人的除外)取得的增值税发票不允许抵扣进项税。
4、增值税一般纳税人从小规模纳税人购进货物或者应税劳务取得普通发票(购进农产品除外)不允许抵扣进项税额。
11、以下三种情况，票据无法通过有关部门认证的不能抵扣
1、增值税一般纳税人购进货物或者应税劳务，取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和农产品销售发票不符合法律、行政法规或国务院财政、税务主管部门有关规定的，其进项税额不允许从销项税额中抵扣。
2、辅导期增值税一般纳税人取得的增值税专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书交叉稽核比对没有返回比结果或比对不符时，其进项税额不允许抵扣。
3、实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得进口增值税专用缴款书稽核比对不符的，其进项税额不允许抵扣。
虽然专用发票有无法认证、纳税人识别号不符以及发票代码、号码不符等情形之一的，其进项税额不允许抵扣。但购买方可要求销售方重新开具专用发票，重新认证通过后在规定时间内仍可申报抵扣。
12、以下五种减免税相关情况不能抵扣
1、购进免税货物取得增值税抵扣凭证(向国有粮食企业购进免税粮食除外)，其进项税额不允许抵扣。
2、购进用于免征增值税项目的货物或者应税劳务以及随之发生的运输费、销售免税货物的运输费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣，已申报抵扣的应作进项税额转出处理。但购进既用于增值税应税项目也用于免征增值税项目的使用期限超过12个月的机械、机器、运输工具以及其他与生产经营有关的设备、工具、器具等固定资产，其进项税额允许抵扣。
3、纳税人在免税期内购进用于免税项目的货物或者应税劳务所取得的增值税扣税凭证，一律不得抵扣。
4、免税货物恢复征税后，收到该项货物免税期间的增值税抵扣凭证注明的进项税额不允许抵扣。
5、进口货物减免的进口环节增值税税款以及与周边国家易货贸易进口环节减征的增值税税款，不得作为进口货物的进项税额抵扣。
13、作废及停止抵扣期间的增值税发票不能抵扣
1、取得作废增值税抵扣凭证，其进项税额不允许抵扣。
2、纳税人在停止抵扣进项税额期间所购进货物或应税劳务的进项税额，不得结转到经批准准许抵扣进项税额时抵扣。
3、增值税一般纳税人在停止抵扣进项税额期间发生的全部进项税额，包括在停止抵扣期间取得的进项税额、上期留抵税额，不得在恢复抵扣进项税额资格后进行抵扣。
14、未申请办理一般纳税人认定手续的不能抵扣
增值税纳税人年应税销售额超过小规模纳税人标准，未申请办理一般纳税人认定手续的，按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不允许抵扣进项税额。
这里的增值税纳税人指年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人、非企业性单位、不经常发生在税行为的企业除外;年应纳税销售额包括申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额、税务机关代开发票销售和免税销售额。但稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，不计入税款所属期销售额。
同时，增值税一般纳税人会计核算不健全，或者不能够提供准确税务资料的，按销售额依照增值税税率计算应纳税额，其取得的进项税额也不允许抵扣。
15、购进货物退回或折让收回的已支付增值税进项税额不能抵扣
增值税一般纳税人因购进货物退出或者折让而收回的已支付的增值税进项税额，应从发生购进货物退出或折让当期的进项税额中扣减。
16、增值税劳务划分不清的无法抵扣
一般纳税人兼营免税项目而无法划分不得抵扣的进项税额的，按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额=当月无法划分的全部进项税额×当月免税项目销售额÷当月全部销售额、营业额合计。
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